As pesquisas com primatas em Mamirauá são uma das atividades essenciais realizadas dentro da Reserva. Aliás, pode-se dizer que um macaco chamado uacari-branco (Cacajao calvus calvus), de pelagem amarelo-claro e cabeça completamente pelada e vermelha, foi responsável pela implementação de Unidades de Conservação na região.
Tudo começou quando, na década de 80, o primatólogo José Marcio Corrêa Ayres 80 penetrou nas várzeas alagadas para estudar esta curiosa espécie de macaco. Encontrou ali muito mais do que a misteriosa Amazônia, com sua fauna e flora exuberantes. No meio de todo aquele mar doce, conheceu milhares de pessoas morando sobre as águas há várias gerações, vivendo e tirando dali seu sustento. Ideias perfilharam sua mente, seguidas de conversas e articulações nos órgãos governamentais. Em 1996, foi criada a Reserva de Desenvolvimento Mamirauá. A vizinha Reserva Amanã surgiu logo depois. Junto com o Parque Nacional do Jaú, as três formam um extenso corredor ecológico, fundamental para a permanência das comunidades e para conservação da biodiversidade.
As pesquisas com uacari tiveram uma longa pausa após o fim do doutorado do Marcio. Mas foram retomadas aos poucos, com estudos sobre distribuição da espécie e dieta alimentar. Atualmente, o biólogo Felipe Ennes Silva estuda a ecologia e comportamento destes primatas, e entre diversas perguntas, quer saber como a sazonalidade das inundações afeta seu padrão de comportamento, no percurso diário em busca de alimentos e em sua área de sobrevivência. Suas intenções e dos demais pesquisadores envolvidos é implementar um trabalho de pesquisa e acompanhamento a longo prazo.
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Em paralelo, Felipe tem se dedicado nos últimos 2 anos às análises taxonômicas e biogeográficas da espécie em outras regiões, que incluem por enquanto 4 subespécies encontrados no Médio Rio Solimões, Médio e Alto Rio Juruá, Rio Jutaí e Rio Javari. O objetivo é entender melhor o padrão de distribuição destas subespécies e contribuir para o entendimento de sua taxonomia: se as subespécies diferem, o quanto diferem, e a implicação disso para sua conservação.
Uma outra pesquisa com primatas em andamento é com o pequeno e dócil macaco-de-cheiro-de-cabeça-preta (Saimiri vanzolinii). Endêmico da região, é uma das três espécies de Saimiri encontradas na Reserva. Este primata era totalmente desconhecido pela ciência até 1985, quando Márcio Ayres, durante suas pesquisas de campo com uacari, observou um macaco-de-cheiro com pelagem bastante diferenciada das demais espécies. Após um exaustivo trabalho de campo, confirmou que se tratava de uma espécie nova.
Passaram-se mais de 20 anos até a nova espécie receber atenção. Até que, em 2006, a bióloga Fernanda Paim teve a ideia de estudar os limites da sua distribuição geográfica combinada com aspectos básicos de sua ecologia. Atualmente, a intenção da pesquisadora é avaliar de que forma a estrutura do habitat e disponibilidade de alimento influenciam a densidade e distribuição geográfica do macaco-de-cheiro-de-cabeça-preta.
Classificado como vulnerável à extinção na lista de espécies ameaçadas da IUCN, este macaquinho é o primata neotropical com menor área de distribuição geográfica conhecida. Fernanda constatou que sua área é de apenas 870 Km². Seus trabalhos de campo incluem, além de observação direta dos grupos de macacos, captura para avaliação biométrica, genética e da saúde dos animais. Fernanda pretende identificar também se está havendo hibridismo entre espécies de Saimiri que convivem nas mesmas áreas, especialmente nas áreas limítrofes da distribuição e em áreas onde os canais (pequenos rios) são estreitos, facilitando a travessia dos animais de uma margem a outra, quebrando as barreiras de sua distribuição.
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