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O mar territorial de Comores abriga uma das espécies mais ameaçadas e menos conhecidas de todo o mundo, o celacanto. Um exemplar foi capturado em 1985 e hoje encontra-se exposto no museu do Centro Nacional de Documentação e Pesquisa Científica de Comoros, em Moroni. Para proteger o celacanto, e outras espécies aquáticas importantes que incluem corais, peixes-boi, duas variedades de tartarugas, baleias e o golfinho de bico longo, o Governo de Comores criou em 2001 o Parque Nacional Marinho de Mohéli, com 404 km2.
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